Trong quá trình vận chuyển và bảo quản, chuối có thể bị nhiễm bệnh do các loại vi trùng và nấm mốc như bệnh mốc khô làm cho chuối khô héo, sẫm màu, lan dần từ một điểm ra toàn quả; bệnh thối cuống và thịt quả…Quả chuối bị bệnh chẳng những chóng thối rữa mà cường độ hô hấp tăng rõ rệt so với quả lành, dẫn đến rút ngắn chu kỳ sinh lý của quả. Để kéo dài thời hạn bảo quản chuối tươi, trước hết phải có biện pháp phòng bệnh như sát trùng bằng các phương pháp vật lý, hóa học trước khi bảo quản dài ngày.

Độ chín thu hái của chuối là lúc độ già đạt 85 – 90%. Lúc đó vỏ chuối còn xanh thẫm, quả đã lớn hết cỡ, đầy đặn, hầu như không còn gờ cạnh, thịt chuối có màu trắng ngà đến vàng ngà. Độ chín thu hái của chuối thường đạt được sau 115 – 120 ngày phát triển kể từ khi trổ hoa.

Để bảo quản chuối phải được thu hái cẩn thận, không để dập buồng, dập quả, không để bẩn. Sau khi thu hái, chuối được để ráo nhựa khoảng một ngày mới xử lý. Có thể tách chuối ra từng nải nguyên hay quả rời theo khối lượng quy định rồi đựng trong túi ni-lông có đục lỗ 2 – 4% diện tích và cho vào thùng các-tông hoặc sọt. Mỗi hộp hoặc sọt chỉ nên chứa khoảng 15 – 25 kg chuối.Có thể bảo quản chuối nguyên cả buồng được bọc trong túi PE. Buồng chuối có thể xếp dựng đứng trên giá hoặc treo trên những chiếc móc trong kho. Trường hợp phải chuyên chở đi xa, có thể bọc buồng chuối bằng rơm, rạ, hay lá chuối khô,giấy… vừa chống bốc hơi nước, vừa bảo vệ chuối khỏi tác động cơ học.

Chuối xanh thường được bảo quản lạnh ở nhiệt độ 12 – 14 độC, độ ẩm 70 – 85% trong kho lạnh. Trong thời gian bảo quản cần theo dõi nghiêm ngặt các thông số kỹ thuật như nhiệt độ, độ ẩm, thành phần khí CO2… không cho dao động quá mức cho phép (nhiệt độ không ngoài 0,5 độ C, độ ẩm không ngoài 2 – 3%, CO2 không trên 1%). Phải bảo đảm thông gió nhằm một mặt giữ nồng độ CO2 không tăng,mặt khác thải bớt khí êtylen sinh ra từ quá trình bảo quản, để hạn chế tác dụng thúc đẩy sự chín. Đặc biệt chú ý không bảo quản chuối ở nhiệt độ thấp hơn 11 độC, vì dưới nhiệt độ đó chuối sẽ không chín. Có thể bảo quản chuối bằng hóa chất. Hóa chất được giới thiệu dùng nhiều hiện nay ở Việt Nam là Topxin-M. Chuối được nhúng vào dung dịch 0,1% Topxin-M rồi vớt ra để ráo, đựng bằng túi ni-lông, sau đó có thể bảo quản ở môi trường nhiệt độ thường hay nhiệt độ lạnh.Nếu ở nhiệt độ thường thì bảo quản được 2 tuần, nhiệt độ lạnh thì được 8 tuần.Ngoài Topxin -M còn có hóa chất khác như: Benlat, Mertect, NF44, NF35…

Chuối xanh xử lý bằng tia bức xạ với liều lượng khoảng từ30 KRad đến 400 KRad và bảo quản ở nhiệt độ từ 10 – 19 độ C có thể làm chậm chín từ 10 – 57 ngày.

Để chất chuối chín chậm có thể vận chuyển đi xa người ta thường xây kho lạnh để bảo quản nhiệt từ 13oC- 16oC sẽ giúp chuối chín chậm mà vẫn giữ được độ tươi của chuối.